马蒂斯在12月20日宣布辞职，并在辞职信中称“之所以做出这个决定，是为了让总统找到一位更加志同道合的国防部长。”他还表示，在明年2月份离职是为了尽量减少领导人更替对国防部造成的影响。此外，马蒂斯还在信中对特朗普的诸多国家安全政策提出了严厉的批评，包括从叙利亚撤军的决定。这显然激怒了特朗普。他22日在社交媒体上反击称“吉姆·马蒂斯灰溜溜地被奥巴马总统踢出了内阁，是我给了他第二次机会。”

马蒂斯在国会议员和军队中拥有很高的支持率。《军事时报》在今年9月底进行的一项民调显示，近84%的美军部队对这位国防部长的工作表示满意，而在军官当中，这一数据接近了90%。但最近几个月来，随着总统推行更加激进的军事政策，他与特朗普之间的关系开始出现裂痕。尤其是特朗普最近不顾军队指挥官们的建议坚持决定从中东地区和阿富汗开始大规模撤军，进一步加剧了两人之间的隔阂。

作为马蒂斯继任者候选人之一的国防部副部长沙纳汉目前正在推行采办系统的系统性改革。他在接受《防务新闻》采访时表示，“五角大楼应该更加关注武器装备的性能，这将推动我们获得无与伦比的杀伤力，执行我们的现代化计划，并以经济实惠的方式实现这一目标。”长期以来，各军种会因为各自独特的需求，独立研发一些功能相近的武器系统，这必然会在装备研发方面产生大量的重复项目，从而在人力和物力上造成极大了浪费。因此，沙纳汉在推行这项改革的同时，还在着力推动各军种联合研发兼顾各自作战特点的通用型武器系统。

目前，沙纳汉已成为国防部长继任者的最佳人选，除了拥有商业背景以外，与特朗普和副总统迈克·彭斯保持着良好的关系也可能是重要原因之一。然而，他与五角大楼工作人员之间的关系却难以用和睦来形容。据曾与沙纳汉共事的一些官员透露，他热衷于开会，虽然占用了工作人员的大量时间，但却很少取得实质性的成果。